指紋識別技術已經成熟，其應用日益普遍，除了刑事偵察用之外，在民用方面已非常廣泛，如指紋門禁系統、指紋考勤系統、銀行指紋儲蓄系統、銀行指紋保管箱、指紋醫療保險系統、計劃生育指紋管理系統、幼兒接送指紋管理系統、指紋獻血管理系統、證券交易指紋系統、指紋槍械管理系統、智能建筑指紋門禁管理系統、駕駛員指紋管理系統等。
指紋門禁系統和指紋考勤系統是開發和使用得最早的一種出入管理系統，包括對講指紋門禁、聯機指紋門禁、脫機指紋門禁等等。在入口將個人的手指按在指紋采集器上，系統將已登錄在指紋庫中的指紋（稱為已經注冊）進行對比，如果兩者相符（即匹配），則顯示比對成功，門就自動打開。如不匹配，則顯示“不成功”或“沒有這個指紋”，門就不開。在指紋門禁系統中，可以是一對一的比對（one?to?onematching），也可以是一對幾個比對（one?to?fewmatching）。前者可以是一個公司、部門，后者可以是一個家庭的成員、銀行的營業廳、金庫、財務部門、倉庫等機要場所。在這些應用中，指紋識別系統將取代或者補充許多大量使用照片和ID系統。
把指紋識別技術同IC卡結合起來，是目前最有前景的一個應用之一。該技術把卡的主人的指紋（加密后）存儲在IC卡上，并在IC卡的讀卡機上加裝指紋識別系統，當讀卡機閱讀卡上的信息時，一并讀入持卡者的指紋，通過比對就可以確認持卡者是否是卡的真正主人，從而進行下一步的交易。指紋IC卡可取代現行的ATM卡、制造防偽證件等。ATM卡持卡人可不用密碼，避免老人和孩子記憶密碼的困難。
近年來，互聯網帶給人們方便與利益已，也存在著安全問題。指紋特征數據可以通過電子郵件或其它傳輸方法在計算機網絡上進行傳輸和驗證，通過指紋識別技術，限定只有指定的人才能訪問相關的信息，可以極大地提高網上信息的安全性。網上銀行、網上貿易、電子商務等一系列網絡商業行為就有了安全性保障。
指紋社會保險系統的應用為養老金的準確發放起了非常有效的作用。避免了他人用圖章或身份證復印件代領，而發放人員無法確定該人是故世的問題，要憑本人的活體指紋，才可準確發放養老金。
